Berdasarkan isi Peraturan Kepala Staf Angkatan Udara Nomor 40 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tugas Depohar 20 Koharmatau, struktur organisasi Depohar 20 memiliki beberapa kedinasan (unsur staf pembantu pimpinan) yang bertanggung jawab langsung kepada Komandan Depohar 20 (Dandepohar 20).